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短報或漏報營業稅，依照國內稅法規定，除自動補繳可以免罰外，其餘短漏報都必須按照所漏稅額，處以一到十倍罰鍰，納稅義務人不可不慎，國稅局官員建議，若發現短漏報情事，應該迅速補繳稅款，避免受罰。
加值型及非加值型營業稅法第五十一條規定，納稅義務人如果被稅捐稽徵機關發弄短報或漏報銷售額者，除被追繳稅款外，還必須按照所漏稅額被處以一倍至十倍的罰鍰，並停止營業。
不過，國稅局官員說，若屬未經檢舉、未經指定調查人員進行調查案件，納稅義務人自動向稅捐稽徵機關補報並補繳所漏稅款者，可免除各稅法所定關於逃漏稅的處罰。
南區國稅局日前查獲一案例，轄區內的甲公司於民國九十四銷貨給三家公司，銷售額一百餘萬元，雖有開立發票，但未申報，逃漏營業稅五萬餘元。南區國稅局指出，經該局調查後，處漏稅額二倍罰鍰，甲公司不服，主張一時疏忽漏報銷售額，但已於接獲國稅局調查通知函前自行補報及補繳稅款。本案經復查及訴願決定，均遭駁回，甲公司續提起行政訴訟，仍遭高雄高等行政法院判決敗訴。
行政法院認為，南區國稅局已於九十五年三月十五日發函請甲公司說明，但甲公司在九十五年三月十六日才補報及補繳稅款，不適用自動補報補繳免罰規定，因此判決甲公司敗訴。
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