個人支領符合勞動基準法第24條及第32條規定「延長工作時間之工資」、「每月平日延長工作總時數」限度內之加班費，可免納所得稅，營利事業因業務需要延時加班，要有支付加班費事實，且保存加班紀錄，始可列報加班費用。
南區國稅局表示，最近查核獲某公司95年度，利用個人加班費免納所得稅，虛增公司加班費用，以逃漏營利事業所得稅，除了補稅外，會加以處罰。
南區國稅局表示，某公司列報95年度加班費及出差費有異常，請公司提供相關差勤紀錄及薪資印領清冊，彙整後發現，有些員工的出差很頻繁，出差地與公司相隔遙遠，顯然很難當日往返，但員工在出差時間竟然在公司加班，且有刷卡紀錄。公司是以銀行轉帳方式支付薪資，其申報的相關費用與同期間銀行帳戶轉帳差額2,800萬元，公司無法解釋，公司才承認利用個人加班費限額內免納所得稅的規定，虛增公司費用。
國稅局呼籲，財政部規定員工支領勞動基準法規定限度內之加班費免納個人所得稅，不代表公司能可在限額內任意申報員工加班費用。營利事業在列報相關費用時，應妥善保存差勤紀錄、加班工作報告表及印領清冊等證明文件，據實申報。
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