2009年1月9日公布的國稅發（2009）2號文，為目前最完備、最具系統的轉讓定價（移轉訂價）法案，對關係企業間交易的年度申報、同期文檔資料準備、調查與調整、預約定價安排、成本分攤協議、外國關係企業、資本弱化、反避稅管理與處罰都有詳細規定。
不過由於此為新法案，許 多台商企業對其並不熟悉，除了已在3月10日及24日於專欄中，討論準備同期文檔資料的重要性、填寫資料應注意的「陷阱」，及如何編製符合要求的文據，避免成為查核目標外，本文將討論為何台商企業易成為查核目標，如何進行風險管理及解決查核爭議。
根據觀察，與其他外國公司的大陸子公司相較，台商企業的子公司確實較為容易成為查核目標，原因為：
一、台商企業大多選擇將較無競爭力的代工業務轉到大陸。這類業務利潤本就微薄，且在轉移工廠初期更易受各種環境因素影響，若市道或管理不佳，易發生虧損，便成為稅務機關懷疑有轉讓定價特殊安排的對象。
二、部分台商企業選擇在台灣融通資金，故須盡量美化台灣公司的利潤。惟單純考量資金面，卻忽視了大陸移轉訂價風險。
三、某些台商企業為避開政治因素，選擇在免稅天堂設立控股公司，再以控股公司投資大陸孫公司。為稅務考量由控股公司直接對於歐美各國客戶開立發票而非大陸從事製造公司。由於免稅天堂控股公司在無任何員工下，卻保有高額利潤，使轉讓定價風險大幅提升。
根據多年實務經驗，謹提出下列建議，供台商企業子公司因應大陸稅務機關轉讓定價查核參考：
一、治標需治本：有效降低查核風險需由根本著手，企業需規劃訂定合理轉讓定價政策，例如以基準定位分析（benchmark analysis）評估受控交易是否符合常規。
二、正視免稅天堂的交易：企業若以免稅天堂子公司作為避開政治或投資限制之方法，應儘量讓其保留極少利潤或不保留利潤，如此可大為降低查核風險。
三、備齊同期文檔資料：包括可協助管理團隊釐清思路，於接受查核及與稅務機關談判過程中，在溝通上具有一致性及邏輯性；同時企業可向稅務機關輸誠，表達願意配合成為企業好公民的心意；企業即使最終被施以轉讓定價調整，仍可因備齊資料而免除5%的追加罰金；
四、注重談判策略：平心而論，絕大多數受查企業或多或少存在轉讓定價不符常規情形。
有鑒於此，建議受查企業於受查之初即估算可能被調整的金額及可為接受的底線，據以擬定有效談判策略，以期與稅務機關達成協議。此較與稅務機關強硬相對，最終因不堪人力財力之耗費失去談判主動權更符經濟效益。
五、預先進行規劃：若將目光放遠，企業可在一定前提下，利用預約定價安排或成本分攤協議與稅務機關事先達成協議，以合理避免受查可能性。
由於大陸稅務機關對轉讓定價查核極為關注，該法令又於近期才實施，為稅務機關查核主題，預期將雷厲風行。由於查核過程一般會延續半年至一年以上，並且會後續追蹤五年，影響企業營運甚劇，故建議台商企業小心因應，密切關注相關法規最新發展，不要因不熟悉法令而誤蹈法網。建議若有任何疑慮，應儘快找尋專家提供諮詢或協助，要以「勿恃敵之不來，恃吾有以待之」的精神積極因應轉讓定價查核。
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