公司投資若有已實現的損失，依法可列為課稅所得的減項，但要注意的是，因證券交易所得免稅，公司若因買賣股票產生的虧損，不可列報為投資損失，否則將遭剔除補稅。
南區國稅局表示，買賣依法簽證發行的公司股票，是屬於證券交易範圍，依照所得稅法第4條之1規定，自中華民國79年1月1日起，證券交易所得停止課徵所得稅，證券交易損失也不得自所得額中減除；因此，公司買賣股票所產生的證券交易所得或損失，都不列為課稅所得的加項或減項。
至於投資損益部分，依照所得稅法第42條之規定，公司組織的營利事業，因投資於國內其他營利事業獲配的股利淨額或盈餘淨額，不計入所得額課稅；另外，依據營利事業所得稅查核準則第99條第1款規定，投資損失應以實現者為限，其被投資事業發生虧損，而原出資額並未折減者，不予認定；換句話說，公司取得投資收益是不計入所得課稅，但是已實現的投資損失，則可列為課稅所得的減項，降低課稅所得及應納稅額。
南區國稅局日前查核甲公司95年度所得稅結算申報案，甲公司列報投資損失200萬餘元，經國稅局要求甲公司提示該筆投資損失的證明文件供核對，甲公司說明，是在93年間將公司多餘的資金1,000萬餘元購買某上市乙公司的股票200張，但直到95年間，乙公司股票價格不漲反跌，因甲公司財務吃緊急需資金，不得已只好將乙公司股票以800萬餘元認賠賣出，總計產生股票投資損失200萬餘元。
南區國稅局認為，甲公司該項損失是因買賣乙公司股而所產生，並非投資損失，實際應為證券交易損失，因證券交易所得免稅，依規定不能列為課稅所得減項，甲公司因此被國稅局調增課稅所得200萬餘元，並應補繳50萬餘元的營所稅。
南區國稅局強調，公司出售轉投資股票所發生的證券交易損失，與轉投資公司因減資或清算所發生的投資損失不可混為一談，公司應注意區分，以免申報錯誤遭國稅局調整補稅。
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