移轉訂價規範，不只適用補稅，如交易一方因多列報費用被調整補稅，交易的另一方也可以申請退稅。包括繳納中華民國來源所得稅的境外公司，也可以申請退稅。
但要注意的是，如果國稅局認定的收入超過公司申報的兩倍，或是核定的成本減少到只有原來一半，除了調整稅額之外，公司還會因短報被處兩倍以下的罰鍰。所得減少的公司雖然可以獲得退稅，但仍要留意是否會因為漏報收入過多，而被處罰款。
移轉訂價規範關係企業不合常規的交易，尤以母子公司之間的交易往來，最怕遇到國稅局認定移轉訂價不合常規而剔除補稅。不過，關係企業之間的交易，一來一往間，這方減少費用，另一方的所得就會減少，因此，移轉訂價查核準則有個進步的規定，如果A公司被國稅局剔除費用補稅，交易另一方的B公司就可以因為所得減少而可申請退稅，有繳納中華民國來源所得的境外公司也同樣適用這項退稅規定。
勤業眾信會計師事務所稅務部營運長郭心潔指出，根據營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則第35條規定，公司若經國稅局調整交易的收益、成本、費用或損益攤計，一旦補稅確定，交易的他方公司可申請調整退稅。
不過，會計師也擔心，這項規定雖然立意良善，不過對於執行細節並沒有完整規範，仍有許 多模糊地帶。比方說，主管A公司和B 公司的國稅局對於稅務調整的認定不一致，可能會發生A公司被補稅，B公司卻無法退稅的問題。
台北市國稅局審查一科人員表示，各區國稅局都是按照移轉訂價查核準則行事，應該不會有認知上的差異。只要A公司在補稅繳納期限屆滿次日起30日內沒有提出行政救濟，國稅局對於A公司的稅務調整確定，B公司就可以依法申請調整退稅，不會因為是不同國稅局管轄，而有認知上的歧異。
雖然法令沒有規定國稅局在進行移轉訂價稅務調整時要相互通報，但如果交易他方公司必須進行損益相對調整，原則上都會主動通知該區的國稅局。不過，即使國稅局沒有通報，通常納稅公司也會自己急著去申辦退稅。
勤業眾信會計師事務所稅務部副總張衛義指出，根據移轉訂價查核準則規定，移轉訂價相對應調整的交易對象是「應繳納中華民國所得稅之納稅義務人」，許 多公司交易的對象並非境內公司，但若境外公司也有繳納中華民國來源所得稅，是不是也可以申請退稅？國稅局人員解釋，如果交易的對象是國外公司，國稅局無權要求國外稅捐機關進行相對應調整，不過如果國外公司在台有繳納中華民國來源所得，同樣可以適用此規定申請退稅。
郭心潔建議各區國稅局，若能建立共同協調的機制，同步通報並共同認定移轉訂價稅額調整，可讓徵退之間的時間縮到最短，公司也不用為了退稅而疲於奔命。
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